Pada tahun Era Kosmik 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di seluruh galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak berubah yang tetap tinggal di planet Bumi. Kebencian mendalam The Naturals terhadap Koordinator mendorong makhluk maju ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia.

Kira Yamato adalah seorang Koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi berantakan sebagai ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Koordinator pemberontak, menyerang koloni dalam upaya untuk mencuri satu set lima mobile suit militer canggih yang dikenal sebagai Gundam.

Sementara ZAFT berhasil kabur dengan empat dari mobile suit, Kira mengambil kendali Gundam terakhir, Strike. Selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan awak Archangel, sebuah kapal yang dijalankan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kerugian yang menyertainya.

[Ditulis oleh Penulisan Ulang MAL]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.